被告证据不足时，应审慎处理。审查起诉阶段应作不起诉决定。法律依据：《刑事诉讼法》规定，证据不足时可不起诉或判决无罪。若证据不足仍起诉，可能导致错判、误判，损害司法公正。
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不同阶段的处理方式：1.审查起诉时，若证据明显不足，应建议检察官作出不起诉决定；2.一审时，强调证据不足应判无罪；3.二审时，根据新证据或事实变化，可改判或裁定撤销原判，发回重审。
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处理证据不足案件，常见方式有：不起诉、无罪判决、二审改判或发回重审。选择时应考虑案件具体情况、证据补足可能性及司法公正。一审证据不足可判无罪，二审可改判或发回。