全勤奖被扣是否公平需视公司规定而定。从法律角度看，若公司规章制度明确规定未打卡即扣全勤奖，且该规定合法合理，则扣罚合理。但若规定模糊或存在歧义，员工有权质疑。若公司扣罚存在歧视或不公，问题就严重了，应及时咨询律师。
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从法律角度，处理此类问题常见方式有：查阅公司规章制度、与HR沟通、申请劳动仲裁等。选择时，若规章制度明确且合理，可先尝试与HR沟通；若沟通无果或规定存在问题，可考虑申请劳动仲裁，维护自身权益。
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从法律角度，针对不同情况，处理方式具体操作如下：1.若公司规章制度明确未打卡即扣全勤奖，且该规定合法，员工应先与HR沟通，了解扣罚详情，尝试解释或补救。2.若规章制度存在模糊或歧义，员工可要求公司提供扣罚依据，并据理力争，必要时申请劳动仲裁，由仲裁机构裁决。3.若公司扣罚存在明显不公或歧视，员工应立即收集证据，如打卡记录、工资单等，向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自身合法权益。在仲裁过程中，员工应据实陈述，提供充分证据支持自己的主张。